O processo de atualização de um site em drupal é muito simples, desde que você tenha seguido as recomendações de não alterar códigos do core, ao invés disso você deve usar os padrões de sobreescrita.

exemplo de uma atualização do site em drupal 5.15 para 5.16.

cd /var/www/example.com/public_html
wget http://ftp.drupal.org/files/projects/drupal-5.16.tar.gz
tar -xzvf drupal-5.16.tar.gz --strip-component=1 --exclude=settings.php

O código acima utiliza o comando tar para desempacotar os arquivos ignorando o 1 diretório ( drupal-5.16 ), assim os arquivos serão sobreescritos pois mantem uma estrutura. Também utilizo a opção --exclude do tar para informarmos que não queremos sobreescrever o arquivo de configuração ( settings.php ) do drupal.

obs. lembre-se de fazer o backup antes. :)

Simples.